Биобанкирование штаммов микроорганизмов, изолированных от пациентов, является критически важным инструментом для современных биомедицинских исследований, однако сопряжено с комплексом не до конца решенных этико-п равовых проблем. Целью данной работы является анализ этих проблем на примере практики биобанкирования в ФГБУ «НМИЦ колопроктологии имени А. Н. Рыжих». Основное внимание уделяется противоречиям между необходимостью научного прогресса и соблюдением прав доноров, включая получение информированного согласия и обеспечение конфиденциальности данных. Материалом исследования послужили правовые документы и внутренние регламенты, регулирующие работу с микробными коллекциями. В результате анализа выявлена фрагментарность российского законодательства, отсутствие четкого правового статуса биологических образцов и, как следствие, зависимость этических аспектов работы от локальных протоколов и внутренней политики учреждения. Ключевым выводом является настоятельная необходимость развития специализированной нормативно- правовой базы, которая гармонизирует принципы биоэтики с практическими задачами биобанкинга, устанавливая ясные правила обращения с микробиотой пациента и механизмы управления согласием.