Внедрение информационных технологий в медицине способствовало формированию больших баз данных. Анализ больших баз данных позволяет выявить закономерности между условиями окружающей среды, образом жизни и заболеваемостью, которые способствуют прогрессу изучения патогенеза, клинического течения, прогноза заболеваний, а также ускорить клинические исследования новых методов лечения. Наиболее востребованы большие базы в биоинформатике и биомедицине. Проблемы использования больших баз связаны с рядом этических проблем: конфиденциальностью, информированным согласием, неприкосновенностью частной жизни. Этические вопросы использования персональных медицинских данных нашли отражение в международных документах. Использование больших баз данных сопряжено с дилеммой, обусловленной, с одной стороны, законодательной защитой прав пациентов, а с другой — снижением аналитических возможностей использования информации. Предлагается несколько методов безопасности медицинских данных для предотвращения идентификации пациентов. Одним из способов решения этой проблемы является деперсонифицированность данных. Обсуждаются варианты возможности исследования вторичных медицинских данных.