Клинические рекомендации представляют собой документы, которые содержат базирующуюся на научных доказательствах структурированную информацию по вопросам профилактики, диагностики, лечения и реабилитации и регламентируют профессиональную деятельность врачебного сообщества. С 1 января 2025 года планируется переход на обязательное использование клинических рекомендаций, одобренных Министерством здравоохранения Российской Федерации, в то время, как 2024 год является промежуточным периодом их применения. Однако при разработке и обсуждении клинических рекомендаций возникают различные методологические и этические проблемы. Среди них можно выделить конфликт интересов авторов, а также аспекты его разглашения и урегулирования, вопрос доступности клинических рекомендаций для пациентов, а также несоответствие между положениями рекомендаций и их доказательной базой —  результатами систематических обзоров и метаанализов. Урегулирование перечисленных проблем значительно повысит качество клинических рекомендаций, а также увеличит осведомленность пациентов о заболеваниях и подходах к лечению. В данном обзоре приводится анализ широкого спектра методологических проблем, связанных с разработкой клинических рекомендаций, рассматриваются нормативно-правовые акты и этические принципы, изданные государственными органами, профессиональными сообществами и международными организациями, и высказываются предложения для снижения уровня предвзятости и, как следствие, повышения степени доказательности клинических рекомендаций.